すでに無料のAdvanced Custom Fields(以下、ACF)を有効化して運用しているサイトで、有料のACF PROへアップグレードする方法です。
無料版からPROへアップグレードしてもデータは問題なく引き継ぐことができます。公式サイトにも100%の互換性だと以下のとおり記載があります。

目次
ACF PRO のライセンスを購入し、プラグインをダウンロード
ACF PRO 公式サイトでライセンスを購入します。現在は、サブスクリプションのみです。
購入できたら、[Account] > [Licenses] ページからバージョンを指定してプラグインファイルをダウンロードします。
プラグインをWordPressサイトにインストール
プラグインを追加画面で[プラグインのアップロード]ボタンを押下し、先ほどダウンロードしたファイルをアップロードしてインストールします。

ダウンロードしたzipファイルを解凍して、FTPでwp-content/pluginsにアップロードしてもOKです。
ACF PRO を有効にする
インストールが完了すると以下の画面になるので、[プラグインを有効化]ボタンを押下します。

PROを有効にすると自動で無料版の方が無効化されます。無料版を先に無効にしてからPROを有効化してもOK。

登録していたデータは、何もしなくても引き継がれます。公式サイトにも無料版とPROは互換性100%と記載されています。
ライセンスキーを登録してアクティベート
[ACF] > [更新] 画面でライセンスキーを入力して、[ライセンスをアクティベート]ボタンを押下します。これで完了です。

